Luego de integrar el cuerpo técnico de Diego Cocca en Huracán y dirigir el conjunto nacional Sub-15, Coyette tuvo su primer experiencia profesional como DT en Chacarita. Remplazó a principios de 2016 a Fernando Gamboa y en tan sólo un año logró el ansiado ascenso a primera división luego de 7 años. El conjunto de Coyette apostó al buen fútbol y nunca renunció a su idea. Cosechó 77 puntos y salió segundo detrás del Argentinos del gringo Heinze.
Distinto fue su paso por la primera división: sin algunas de las figuras que le dieron el ascenso, Coyette luchó por mantener el nivel que el equipo una vez supo tener. Pero los resultados no acompañaron, de las 11 fechas jugadas Chacarita solamente se impuso una sola vez contra gimnasia e igualó en tres oportunidades. Estos números dejan al funebrero en el fondo de la tabla tanto del campeonato como del descenso.
Pensando a futuro, a corto plazo será reemplazado por el entrenador de la reserva y coordinador de inferiores, Luis Marabotto, quien ya fue DT interino para la institución en primera allá por el 2010, será el encargado de dirigir al equipo en su último enfrentamiento del año. Jugará el lunes a las 21 de local contra Lanús.
Para dirigir la segunda rueda del torneo el año que viene, los dirigentes ya barajan distintas variantes. En las últimas horas como suele ser en estos momentos, han sonado varios nombres que incluyen a: Diego Osella, Cristian Bassedas, Rubén Forestello y Omar De Felippe.
Gaston Coyette se convirtió en el décimo cuarto entrenador en dejar su puesto desde el comienzo de la Superliga. Desde su pagina oficial, Chacarita despidió al muy querido entrenador agradeciéndole y destacando por sobre todo sus cualidades humanas y profesionales.